2021年10月11-15日,上海国际生物医药产业周-“张江生命科学国际创新峰会”将在张江举办。峰会立足张江,面向全球,聚焦生命科学产业新技术、新模式、新领域、跨界融合发展新趋势,集“论坛、展示、发布、对接交流”等功能于一体,培育打造成为具有全球地标意义和引领作用的生命科学产业国际会议。
在大数据时代,将生物医学大数据转化为有价值的知识是生物信息学面临的最重要挑战之一。近年来,人工智能技术在生物医学的各个领域得到了广泛的应用,在多组学数据整合挖掘以及精准医学的应用等方面展现出了优异的表现。因此,将人工智能技术应用于生物信息学研究,作为一个新兴的领域,受到了学术界和工业界的广泛重视——其目的在于更好地了解疾病的分子基础,从而为临床实践提供信息,并最终改善人类健康。
10月13日,复旦大学领衔承办张江生命科学国际创新峰会“生物医学大数据”论坛,我们邀请了国内生物信息学、人工智能领域的13位知名专家学者,就生物医学大数据的整合挖掘与转化应用,为大家作学术报告。
会议时间:2021年10月13日 北京时间 9:00—17:00
会议地点:东郊宾馆玉兰厅(上海浦东金科路1800号)
重大疾病和生物医学大数据挖掘
李霞 哈尔滨医科大学教授
开发使用异构计算加速转录组分析的新方法
王泽峰 中科院上海营养与健康研究所研究员
解释遗传变异的基因调控网络
王勇 中科院数学与系统科学研究院研究员
通过cfDNA甲基化测序数据预测肿瘤的机器学习方法
汪小我 清华大学教授
基于CpG-Island的人类管家基因的注释与分析
章乐 四川大学教授
动力学的数据科学
陈洛南 中科院分子细胞科学卓越创新中心研究员
后疫情时代的转化信息学:从药物发现到智能社会
沈百荣 四川大学教授
基于深度学习的医学病理图像分析
张法 中国科学院计算技术研究所研究员
开发计算框架了解细胞命运构建模块
张勇 同济大学教授
寻找用于癌症液体活检的新型cfRNA生物标志物
鲁志 清华大学研究员
ORGANISERS
赵兴明,复旦大学类脑智能科学与技术研究院教授,计算神经科学与类脑智能教育部重点实验室副主任、上海市青年科技启明星和上海市浦江人才计划入选者、IEEE Senior Member、CCF 高级会员、中国人工智能学会人工生命与生物信息学专委会副主任、中国计算机学会生物信息学专委会常务委员、上海市计算机学会生物信息学专委会主任和ACM SIGBio China Vice Chair 等。承担了863、国家重点研发计划、国家自然科学基金重大研究计划和重点项目在内的多项科研课题。在Cell Metabolism、Nature Communications、Genome Medicine、Nucleic Acids Research等国际著名期刊发表SCI论文100余篇,曾获吴文俊人工智能自然科学奖一等奖和教育部自然科学二等奖。
陈靖祺
复旦大学类脑智能科学与技术研究院青年副研究员
陈靖祺,复旦大学类脑智能科学与技术研究院青年副研究员。博士毕业于复旦大学,后赴美国加州大学伯克利分校从事博士后研究。主要研究方向为脑疾病的非编码机制、疾病的多网络多模态数据整合、全基因组测序分子诊断等,并已开发多组学整合预测、结构变异注释、外显子组致病变异鉴定等多个算法流程。以第一或通讯作者身份在 Nucleic Acids Research, Journal of Proteome Research和Human Mutation 等知名学术期刊发表学术论文多篇。
杨禹丞
复旦大学类脑智能科学与技术研究院青年副研究员
杨禹丞,复旦大学类脑智能科学与技术研究院青年副研究员。2016年获清华大学博士学位,之后前往耶鲁大学从事博士后研究。2020年起在复旦大学担任青年副研究员。研究领域为计算基因组学和生物医学大数据的整合分析。目前研究兴趣为基因组调控元件与基因表达调控,以及与人类复杂疾病尤其是大脑相关疾病的关联。以一作或通讯作者身份在Cell Research、Nucleic Acids Research、BMC Genomics等知名学术期刊上发表多篇学术论文。
王勇
中科院数学与系统科学研究院研究员
王勇,中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所研究员,2020国家杰出青年。1999 年从内蒙古大学数学系的数学物理专业本科学位,2002 年从大连理工大学应用数学系获得运筹学与控制论硕士学位,2005年从中国科学院数学与系统科学研究院获得运筹学与控制论专业的理学博士学位。主要从事运筹学与生物信息学、系统生物学的交叉研究。采用融合最优化、统计和动力系统的数学建模:重点研究生物分子网络,在数学上找出产生多组学数据的调控网络,揭示因果关系;重点研究生物医学数据分析集成,研究数据的基本数学结构,通过建模分离信号与噪声。
王泽峰
中科院上海营养与健康研究所研究员
王泽峰博士, 2015年起在中科院马普计算生物学研究所任研究员、所长、中科院计算生物重点实验室主任。主要从事RNA加工及其关联的系统生物学技术研究,致力于利用计算生物学方法研究RNA剪接的调控机理及剪接异化在癌症中的作用;环形RNA的非典型翻译调控;并利用合成生物学方法设计构建人工蛋白质来操控RNA代谢。其工作获得多项国际和国内奖励,包括杰弗逊基础医学奖、Kimmel 学者奖、贝克曼青年学者奖、斯隆研究奖、马普学者奖、德国Mercator学者、中科院率先行动百人计划学术帅才、科技部重点领域创新团队负责人、万人计划领军人才等。
李国君
山东大学教授
李国君,山东大学教授。1996年获中科院数学与系统科学研究院博士学位。研究领域涉及图论、组合最优化和生物信息学,共发表SCI期刊论文一百多篇。彻底证明了V. Chvátal 猜想为代表的4个公开挑战的图论猜想;彻底解决了组合最优化和计算机科学界两个长期挑战的可近似性难题;以第一或通讯作者在生物信息学相关的核心期刊发表学术论文30多篇。主持国家自然科学基金重点项目两项,一般项目十余项。
李程
北京大学研究员
李程博士, 2002至2013年在哈佛大学生物统计系/Dana-Farber 癌症研究所任职,担任助理教授和副教授。研究组开发的dChip、ComBat系列基因组数据分析算法和软件被同行广泛使用,发表学术论文100余篇,包括作为通讯作者(含共同)在Cell、Cancer Cell、Cell Stem Cell、Nature Immunology、Genome Biology的论文,个人h-index为62。现担任中国病理生理学会实验血液学专委会委员、《Quantitative Biology》期刊“流程与教程”栏目编委。研究组兴趣为三维基因组学实验技术、分析算法开发及其在再生生物学的应用,受到国家自然科学基金委杰青项目、科技部重点研发计划的资助。
李霞
哈尔滨医科大学教授
李霞教授,国务院特殊津贴获得者、“头雁”团队带头人、“龙江学者”特聘教授、中国细胞生物学会功能基因组信息学与系统生物学分会会长,哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院院长,省级优秀中青年专家、省级领军人才梯队带头人、北京“百千万人才工程”入选者、五洲女子科技奖获得者、省生物医学工程学(生物信息学)一级学科重点学科带头人。主持承担了国家863、973、重大研发计划和国家自然科学基金等16项,提出了疾病生物医学组学大数据挖掘系列创新方法与技术,开发了多功能生物医学大数据系列分析平台,发表SCI论文200篇,获教育部奖、省部级奖、中华医学奖等10余项。
汪小我
清华大学教授
汪小我,清华大学自动化系长聘教授。主要研究方向为模式识别与机器学习、基因组大数据分析、合成生物系统智能化设计等。曾担任中国生物工程学会青年工作委员会主任、中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会副主任、中国计算机学会生物信息学专委会常委等。曾获全国优秀博士学位论文奖、中国自动化学会青年科学家奖,并获得国家自然科学基金优秀青年基金、教育部新世纪优秀人才计划等支持。
沈百荣
四川大学教授
沈百荣教授,2018年起任四川大学华西医院系统遗传研究院执行院长,教授、博士生导师。2008年回国以来主持重大项目和基金委项目等10多项、在国际生物医学信息学相关不同学科国际杂志上发表论文150多篇,主编英文著作4部、中文著作1部。回国后已经培养博士、硕士研究生60多人。2012年以来在国际上倡导转化生物医学信息学、促进医学与生物信息学、医学信息学的融合,是国际转化生物医学信息学系列会议(ICTBI)的创始主席。
张法
中国科学院计算技术研究所研究员
张法博士,中国科学院计算技术研究所研究员,博士生导师。主要从事生物信息学算法、生物医学图像处理和高性能计算等方面的研究。近年来在冷冻电镜三维重构、医学病理图像处理等方面,取得了多项重要研究成果,相关研究成果已在多家科研机构和医院应用。率队获得2021年国际三维模型检索挑战赛(SHREC2021)冷冻电镜电子断层生物图像分类大赛全球第一名的成绩。作为第一和通信作者在Cell Research、Science Advances 等国际著名期刊和ISMB、ICCV等知名国际会议发表论文140余篇。作为项目负责人和主要参与人承担了多项科技部重点研发专项、国家自然科学基金重点等项目。
张勇
同济大学教授
张勇,同济大学生命科学与技术学院教授、博士生导师、系主任。主要研究方向是针对高通量生物学数据,结合生物信息学方法发展与深度数据分析,研究基因组激活过程中转录调控信息的重编程机制。已在Nature,Nature Cell Biology,Genome Research,Genome Biology等期刊发表通讯作者论文20余篇。获得基金委优秀青年基金、中组部青年拔尖人才、上海市优秀学术带头人、国家自然科学二等奖、教育部自然科学一等奖、干细胞青年研究员奖等,并承担多项国家级项目。
陈洛南
中科院分子细胞科学卓越创新中心研究员
陈洛南,中国科学院分子细胞科学卓越创新中心研究员,中国科学院系统生物学重点实验室执行主任。 华中科技大学电气工程学士,日本东北大学系统科学硕士;日本东北大学系统科学博士。1997年任日本大阪产业大学副教授;2000年任美国加州大学洛杉矶分校(UCLA)访问教授;2002年任日本大阪产业大学教授;2009年10月至今任中科院系统生物学重点实验室执行主任。从事计算系统生物学、大数据分析和人工智能的研究工作。
章乐
四川大学教授
章乐教授,现任四川大学计算机学院副院长,曾在哈佛大学医学院麻州总医院从事博士后研究工作,担任过密歇根理工大学助理教授和罗切斯特大学医学院副教授。已发表90余篇SCI学术论文和5本学术专著,并获得7项授权国家发明专利。目前的工作核心是利用计算机和数学计算的知识为生物信息研究提供实时模拟和数据挖掘技术。先后以第一完成人荣获四川省科技进步二等奖,重庆科技进步三等奖和吴文俊人工智能二等奖在内的多项学术荣誉。
韩敬东
北京大学教授
韩敬东教授, 2019年成为北京大学终身教授,新加坡国立大学兼职教授。主要研究方向为分子网络的结构和动态推理,通过大规模实验和计算分析相结合,探索网络的设计原理,并发现衰老、癌症和干细胞发育等复杂表型是如何发生的,通过分子网络进行调控。 2006年获国自然杰出青年科学家奖,2009年获百人计划杰出成就奖,2011年入选Max Planck Follow,2014年入选MaxNetAging Fellow,2016年入选Faculty 1000 in Developmental Biology,2018年获“遗传与发育协同创新中心”十大科技进展,2019年获“中国生命科学十大进展”。
鲁志
清华大学研究员
鲁志博士,清华大学 生命科学学院研究员,博士生导师,“生物信息学”教育部重点实验室副主任,国家“优秀青年”基金和“霍英东”青年基金获得者。鲁志博士的实验室主要从事跟“非编码RNA”有关的生物信息学研究,包括1) RNA调控,2) 精准医疗,3)机器学习三个主要方向。发表国际重要期刊文章60余篇(Science, Cell Res., Nuc. Acid Res.,Genome Biology, Nature Commun.等),总引用超过1万次,其中以通讯作者身份发表的30余篇。
主办单位:上海张江(集团)有限公司
联合承办单位:复旦大学、上海市生物信息学会、上海市计算机学会生物信息学专委会、中国人工智能学会生物信息与人工生命专委会、IEEE SMC Shanghai Chapter、计算神经科学与类脑智能教育部重点实验室
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